با الهام از توصیه‌ی همیشگی بزرگان، به‌ویژه رهبر معظم انقلاب اسلامی (مدظله‌العالی) درباره‌ی تهذیب نفس به‌عنوان ضرورتی بنیادین برای هر فعال جهادی، «قمر نفس عمیق» با هدف ارتقاء معنوی و استحکام بنیه‌ی دینی کنشگران فرهنگی‌–‌جهادی شکل گرفته است. رهبر انقلاب در بیانی گویا فرموده‌اند: «نفستان را نفس عمیق قرار دهید»؛ و همین جمله، الهام‌بخش نام و جهت‌گیری این قمر بوده است. قمر نفس عمیق در تلاش است با ایجاد پیوند میان کنشگران جهادی در سطوح مختلف جامعه و مؤسسات معتبر برگزارکننده‌ی دوره‌ها و برنامه‌های بینشی–معرفتی در سطح ملی، زمینه‌ی تغذیه‌ی فکری، توانمندسازی اعتقادی و اعتلای معنوی نیروهای فرهنگی را فراهم سازد. این قمر، خود را حلقه‌ی وصل میان دغدغه‌مندان عمل فرهنگی با مراکز عمیق معرفتی می‌داند؛ مسیری برای تنفس معنوی در فضای مجاهدت تمدنی.